EDI-moduler består typisk af flere nøglekomponenter, der arbejder sammen om at standardisere og automatisere overførslen af data mellem virksomheder. I store træk kan de opdeles i et datakonverteringslag, et kommunikationstransmissionslag, et virksomhedskortlægningslag og et systemintegrationslag, hver med sit eget ansvar.
Datakonverterings- og kortlægningsmodulet er en af kernekomponenterne i EDI. Det er ansvarligt for at konvertere rådata fra interne virksomhedssystemer (såsom ERP- eller CRM-data) til EDI-meddelelser, der er i overensstemmelse med standardformater, såsom EDIFACT eller ANSI X12. Samtidig er den også ansvarlig for omvendt parsing af data fra eksterne partnere, og konvertere dem til strukturerede data, der kan genkendes af virksomhedens interne systemer. Feltkortlægningsregler og datavalideringsregler spiller en afgørende rolle i denne proces.
Kommunikations- og transmissionsmodulet er primært ansvarlig for sikker transmission af EDI-meddelelser mellem forskellige virksomheder. Almindelige metoder omfatter VAN-netværk, AS2-protokoller eller API-baserede transmissionsmetoder. Dette modul inkluderer typisk også beskedkøer, genforsøgsmekanismer og overvågning af transmissionsstatus for at sikre pålidelig datalevering selv i komplekse netværksmiljøer.
Systemintegrations- og administrationsmodulet bruges til at integrere EDI-funktioner i virksomhedens eksisterende forretningssystemer. Det er typisk dybt integreret med ERP, WMS eller supply chain management systemer for at automatisere forretningsprocesser såsom ordrebehandling, forsendelse og afstemning. Samtidig giver dette modul logning, undtagelseshåndtering og overvågningsfunktioner, hvilket letter sporing og styring af dataudvekslingsprocesser for virksomheder.