Hovedkonfigurationen af EDI-moduler drejer sig typisk om tre områder: kommunikationsinteroperabilitet, databehandling og forretningssamarbejde. Dette sikrer stabil og præcis udveksling af forretningsdata mellem forskellige virksomhedssystemer. I praksis udføres disse konfigurationer generelt inden for en integrationsplatform eller middleware og tilpasses i henhold til kravene fra forskellige partnere.
Konfiguration af kommunikationslag fokuserer på at indstille interoperabilitetsmetoden og sikkerhedsparametre, såsom brug af transmissionsprotokoller som AS2-, SFTP- eller VAN-netværk. Det kræver også konfiguration af identifikationsoplysninger (Partner ID), certifikater, krypteringsmetoder og signaturregler for begge kommunikerende parter for at sikre datasikkerhed og integritet under transmission. Endvidere falder indstillinger for beskedkø, genforsøgsmekanismer og timeout-regler også ind under dette afsnit, der bruges til at forbedre transmissionspålidelighed.
Data- og forretningskonfiguration omfatter hovedsageligt definitioner af meddelelsestyper, regler for felttilknytning og formatkonverteringsregler. Datastrukturer er ofte forskellige mellem virksomheder, så kortlægningskonfigurationer er nødvendige for at kortlægge interne systemfelter til EDI-standardfelter. Forretningsudløsningsregler er også konfigureret, såsom ordregenerering, forsendelsesfeedback eller afstemningscyklusser, hvilket gør det muligt at integrere EDI-dataudveksling i specifikke forretningsprocesser.